Raphael Bruno Leng Li Ng
Orientador(es)
Beatriz de Souza Leite Pires de Lima
Resumo
A proteômica cada vez mais se beneficia com os avanços técnicos dos espectrômetros de massa e de programas computacionais mais eficientes. Entretanto, a análise dos espectros multiplex raramente é contemplada. Assim o presente texto apresenta uma heurística computacional para buscar o maior número de peptídeos possível em um mesmo espectro MS2. Essa técnica pode ser aplicada nas estratégias de aquisição DDA ou DIA e utilizada em conjunto com qualquer algoritmo de busca para identificação de peptídeos em bancos de dados. Essa pesquisa utilizou o PSM. O algoritmo foi construído através do estudo da influência na busca por um peptídeo na presença dos fragmentos de outro em um mesmo espectro MS2. Com este objetivo foram simulados espectros multiplex somando-se espectros reais, cada um com precisa identificação do peptídeo presente. Por fim, foram feitos testes do algoritmo desenvolvido em espectros multiplex reais afim de verificar a sua eficiência. Os resultados indicam que esta heurística melhorou a qualidade das identificações e aumentou a quantidade de peptídeos identificados indicando uma promissora ideia para melhorar as aplicações existentes e aumentar o número de identificação de peptídeos.
Abstract
Proteomics has been benefited from recent advance on mass spectrometers and more efficient computer applications. However, in most of the time, analysis of multiplex spectra isn’t the focus of these advances. This paper presents a computational heuristic to find more peptides – instead of one – in the same MS2 spectrum. This technique can be applied to DDA and DIA strategies and can be used with any search algorithm for peptide identification in data banks. PSM was used in this research. The algorithm was built by studying on how a peptide may change the sequencing of another one if both peptides fragments were found in the same spectrum. In order to develop the heuristic, multiplex spectra were simulated mixing real spectra, each one with accurate peptide identifications. Finally, in order to test the final algorithm, tests were done in real multiplexed spectra. Results shows improvements on quality of identifications and more identified peptides indicating it is a promising idea to improve current applications and increase the number of identified peptides.
